Historia basada en el videojuego del mismo nombre, se basa en una historia de dos mundos alternos que se encuentran divididos por vinculo de energía, donde cada uno lucha por su existencia en base a la energía del otro mediante sellos. Su destino se decide al enviar un elegido de cada mundo a realizar una aventura en busca de estos sellos para así salvar su propio mundo, ya que la fuente de energía de ambos mundos no existe mas desde hace mucho tiempo.

Existen dos mundos, ambos inconscientes de la existencia del otro. Para que un mundo florezca, el otro tendrá que perecer. En el mundo perecedero, un Elegido es enviado en un viaje para restaurar el maná del mundo despertando a los Espíritus y convirtiéndose en un ángel. Colette Brunel, la elegida de Sylvarant, emprende su viaje acompañada de sus mejores amigos Lloyd Irving y Genis Sage. A medida que viajan más se encuentran más amigos y aún más enemigos, mientras aprenden más y más sobre la verdad detrás de la regeneración mundial.