La historia continúa donde la primera temporada dejó solo unos meses en el futuro. Yuokai Gakuen ha sido reparado y el nuevo semestre está en marcha. Tsukune y la pandilla están de regreso, y más poderosos que nunca. La verdadera identidad de Anti-Thesis se revela. Con nuevos adversarios apareciendo en el horizonte, y algo mucho más siniestro de lo que la pandilla jamás ha enfrentado.

Tsukune está luchando con el monstruo dentro de él. Con la ayuda de Moka, Mizore, Kurumu, Ruby y Yukari, Tsukune entrena para controlar su sangre de vampiro y la fuerza para proteger lo que él aprecia.

La nueva temporada se centra más en las niñas, su pasado y sus familias. Nuevos enfrentamientos los esperan. Nuevos amigos y aliados se unirán a ellos a su lado. Juntos descubrirán los secretos del rosario de Moka y su linaje …