La historia tiene lugar en una ciudad japonesa común, la ciudad de Fuyuki. Oculto de la sociedad, ha habido una guerra mortal en esta ciudad. Siete hechiceros conocidos como ‘Maestros’ convocan a un poderoso familiar llamado ‘Sirvientes’ y todos se pelean hasta el último. Se dice que el último alcanza el Santo Grial que les concederá un deseo. Solo unos pocos saben cuándo comenzó esta Guerra y qué es el Santo Grial, pero la guerra estaba por comenzar nuevamente este año.

El personaje principal es Emiya Shirou, quien perdió a sus padres en un incendio y fue adoptado por un hombre que se hacía llamar hechicero. Admirando a su padrastro, se ha estado entrenando para ser un hechicero. Sin embargo, no tenía talento y apenas podía usar un tipo de brujería. Su padrastro ya falleció, y hoy es un hechicero sin ninguna habilidad o conocimiento. Está involucrado en la Guerra del Santo Grial cuando accidentalmente convoca a Saber, quien se dice que es el sirviente más fuerte de todos …

El manga de Fate/stay night, ilustrado por Nishiwaki Datto, comenzó su serialización en la revista Shōnen Ace, en Kadokawa Shoten, el 26 de diciembre de 2005. Se trata de una adaptación de la novela visual. A diferencia del anime, el manga se centra en las historias de Fate y Unlimited Blade Works (con algunas derivaciones), y se han incluido además algunos elementos de las historias de “Heaven´s Feel”. Veinte volúmenes han sido publicados en Japón, dando por culminada la publicación de este manga en el año 2012.